Zum besseren Warten der Typo3 Seite empfiehlt es sich, die Typo3 Installation als ganzes zu lassen. Das heißt quasi nur die Typo3 Source als ganzes in einem Ordner entpacken (z.B, typo3_src-4.6.11) und im Root Dir eurer Seite Symlinks zu t3lib, typo3 und typo3_src angeben. t3lib und typo3 verweisen auf typo3_src.